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Sur les terrains imperméables de la Bresse, le site correspond à un massif forestier s'insérant dans un contexte très ouvert de prairies bocagères et de cultures. Ce site est d'intérêt régional pour sa faune et sa flore. Les boisements et leurs différents stades dynamiques après coupe constituent une zone de nidification régulière pour divers oiseaux déterminants pour l'inventaire ZNIEFF tels que :- le Busard Saint-Martin (Circus cyaneus), rapace diurne nicheur rare en Bourgogne, menacé par la régression de son habitat de reproduction et par la destruction directe des nids en milieux cultivés et qui niche dans les coupes forestières,- le Pic mar (Dendrocopos medius), passereau d'intérêt européen,- la Bondrée apivore (Pernis apivorus), rapace d'intérêt européen. La Laîche maigre (Carex strigosa), plante rare en Bourgogne et déterminante pour l'inventaire ZNIEFF, a également été notée. Ce patrimoine dépend notamment d'une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes : lisières, clairières, zones humides, milieux herbacés... 

https://inpn.mnhn.fr/zone/znieff/260030195.pdf

Ce site est composé de deux ensembles remarquables :

- Le Val de Saône avec ses bois et prairies inondables qui accueillent les   derniers couples de Râle de Genêts de Bourgogne, en nette régression depuis 10 ans. Les bas-fonds humides abritent la Gratiole officinale et sont utilisés par le Brochet pour le frai.

- L'ensemble dunes éoliennes - tourbière - étang de la Truchère constituent un site exceptionnel pour la faune et la flore. Il est classé en Réserve naturelle nationale et en Zone de Protection Spéciale.

Les prairies alluviales sont dominantes dans les lits majeurs de la Saône et de la Basse Seille. Elles abritent des sites de nidification pour des espèces remarquables (Râle de Genêts, Courlis cendré). 

Les dunes continentales de la Truchère sont des milieux très originaux pour la Bourgogne et qui qui accueillent des espèces végétales très spécialisées et rares pour la région (Corynephore, Spargoute printanière...).

Installées sur les zones sableuses, les tourbières se caractérisent par une couche de tourbe plus ou moins épaisse déterminant la présence d'espèces rares et protégées (Rossolis, Fougère des marais...).
Les forêts inondables sont présents sous forme de petits massifs de forêts alluviales à bois dur dans les lits majeurs de la Saône et de la Seille (Chênaie pédonculée à Frêne et Orme). Plus localement on note la présence de forêts à bois tendre (Aulne et Saule) occupant les fonds humides. Ce sont des milieux à grande activité biologique où nichent de nombreux oiseaux, et qui comptent parmi les dernières reliques de la forêt alluviale originelle.


Vulnérabilité

L'activité traditionnelle d'élevage peu intensive a permis l'entretien d'une partie du patrimoine naturel prairial. Une tendance vers des pratiques plus intensives (drainage, fauche précoce...) occasionnerait une régression des habitats naturels.
Procéder à un examen attentif de l'évolution des activités forestières et agricoles.

Les territoires de reproduction du Râle des Genêts et du Courlis cendré doivent être maintenus. Des dates de fauche trop précoces sont par ailleurs néfastes à la reproduction de ces espèces.

Les espèces de tourbières et des dunes sableuses sont très sensibles à la fermeture naturelle des milieux.

https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/FR2600979

Dans la partie méridionale, en milieu ouvert essentiellement dominé par des prairies, l'étang de Chevigny s'inscrit en contrebas du village de Fontainebrux, à l'est du bois de la Communauté. Ce vaste plan d'eau alimenté par le ruisseau de Jean Bon fut remis en eau dans les années 1980. Les roselières (dominées par des massettes) et les formations de grandes laîches sont particulièrement étendues dans la partie orientale, où elles sont bordées de buissons de saules. La végétation aquatique est diversifiée : groupements de petits potamots, communautés flottantes de renoncules, tapis de châtaigne d'eau. A noter la présence de la na*ade marine, protégée au plan régional. La végétation riveraine bien développée favorise l'accueil d'une faune remarquable. A cet égard, l'étang de Chevigny est l'un des plus intéressants du réseau bressan pour les oiseaux : cette zone est particulièrement attractive pour la nidification et comme étape migratoire. C'est l'unique site de Bresse comtoise pour la reproduction du canard chipeau et de la sarcelle d'été, appréciant tous deux les roselières denses inondées. D'autres oiseaux peu communs sont contactés : la gorge bleue à miroir, le phragmite des joncs, l'échasse blanche, le vanneau huppé et le petit gravelot. A la faveur de conditions particulières en 2004, ces trois derniers ont nidifié aux abords immédiats de la zone en eau. Pour les batraciens, trois espèces de tritons, la grenouille agile et le sonneur à ventre jaune sont recensés, bénéficiant tous d'un statut de protection en France. En effet, l'humidité constante, l'imbrication étroite des milieux aquatiques et la proximité de boisements sont autant de facteurs propices à leur reproduction.

 https://inpn.mnhn.fr/zone/znieff/430020294.pdf

La plaine de la Bresse s'étend entre la bordure externe de l'arc jurassien et le Massif Central. Au cours de l'ère tertiaire, cette partie nord du bassin d'effondrement du Rhône et de la Saône était occupée par un lac au fond duquel des alluvions se sont déposées sur de grandes épaisseurs. Le retrait progressif du lac bressan a laissé place à de vastes marécages. La Bresse comtoise forme une entité paysagère et culturelle homogène, constituée d'un complexe interactif et cohérent d'étangs, de prairies et de boisements humides sur des sols peu perméables, dans un relief à peine vallonné. L'origine des étangs de Bresse semble remonter au XIIIe siècle. Ces plans d'eau, à vocation piscicole le plus souvent, ont été créés par l'homme. Leur faible profondeur et l'absence de gradient thermique autorisent le développement de la végétation sur toute la hauteur d'eau. La gestion traditionnelle a permis l'installation d'écosystèmes de grande valeur biologique. Dans la partie méridionale, l'étang Jean Guyon s'insère en lisière sud du bois des Foulletons. Ses berges sinueuses sont bordées d'une roselière particulièrement bien développée au sud. Une aulnaie marécageuse s'étend en queue d'étang sur des sols engorgés en permanence. Classé parmi les étangs méso-eutrophes à potamot capillaire (dont les eaux non acides sont moyennement riches en éléments nutritifs), ce plan d'eau se distingue par sa flore aquatique. Il héberge des espèces remarquables pour la région comme les potamots à feuilles obtuses et à feuilles aigu*s ainsi que la petite na*ade. Ces deux dernières bénéficient d'un statut de protection en Franche-Comté. La présence de la gratiole officinale, en raréfaction et protégée au plan national, confirme cet intérêt botanique : c'est l'une des stations bressanes de cette plante caractéristique des prairies longuement inondables et des sols engorgés.

https://inpn.mnhn.fr/zone/znieff/430010488.pdf